약초를 중심으로는 익생양술과 동의보감이 약간의 접근의 차이를 보이고 있다.
익생양술에서는 일반적으로 사용되는 우리약초명을 기준으로 어느 부위를 쓸 수 있는지 설명하고 약초명 단위로 질병에 맞는 처방을 사용하고 있다. 한편, 동의보감은 약재를 단위로 사용되는데, 하나의 약초라 하더라도 부위별로 다른 명칭을 가진 약재를 처방의 단위로 쓰여지고 있다. 그래서 익생양술과 동의보감의 저술상의 약초 및 약재에 대한 효능과 질병과 처방에의 적응을 정확하게 비교하는 것은 어려움이 존재한다.
그러나 차이점에도 불구하고 약초편에서는 익생양술에서 사용된 약초명을 기준으로 두 저술에서의 효능의 공통점을 찾아보고자 했다. 익생양술에서는 우리나라에서 표준적으로 불리워지는 약초명으로 사용하고 있고, 동의보감의 약재명은 저술상에 사용되었던 약재명을 그대로 사용하되, 약재에 표준적인 약초명을 찾아 첨부하였다.
단, 동의보감에서 사용된 약재가 어느 약초인지에 대한 논란의 여지는 아직도 많이 있어서, 학명의 기준보다는 후대에 약재에 대한 약초의 해석을 기준으로 삼아 효능의 공통점을 찾는데 중점을 두었다. 동의보감의 약재의 해당 약초명을 익생양술의 약초와 일치시켜서 익생양술의 약초를 확인할 때 해당 약초에 대해서 동의보감에서는 어떠한 약재명으로 사용되었는지 체크할 수 있도록 하였다.